Deşi se remarcă cu precădere după operaţiunile militare din iarna anului 1942, divergenţele manifestate în raporturile militare româno-germane au existat de la începutul colaborării. Ele nu au avut iniţial amploare şi nu au afectat în mod sensibil relaţiile militare stabilite între cele două părţi. Încă din noiembrie 1941 s-a remarcat tendinţa autorităţilor militare germane de a se erija în principal factor de decizie, mai ales în ceea ce priveşte administrarea teritoriilor nou cucerite. În şedinţa Consiliului de Miniştri din 13 noiembrie 1941, mareşalul Antonescu a luat atitudine fermă împotriva amestecului flagrant al unităţilor S.S. în Transnistria. Situaţia de confuzie generată de o dublă conducere sau o dublă administrare a unui teritoriu avea să ia amploare în intervalul următor, adeverind afirmaţiile Conducătorului Statului Român: „Nimeni nu se poate amesteca, nici S.S., în comunele germane. Nu se poate ca cineva să ia sub protecţia sa acolo - decât noi - o populaţie care se găseşte în Transnistria. Dacă ucrainenii, ruşii albi, polonezii şi noi, luăm fiecare sub protecţia noastră populaţia din satele de acolo, atunci ajungem la o completă cacofonie. […] Ori este o singură direcţie, ori mă retrag din Transnistria”.

Din iarna anului 1941, situaţia a început să se deterioreze, datorită modului de subordonarea a unităţilor române. Mulţi comandanţi români au rămas astfel fără comandă operativă sau au comandat unităţi şi subunităţi de valoare inferioară celor la care aveau dreptul. Spre exemplu, generalul de divizie Gh. Avramescu, Comandantul Corpului de Munte, a fost subordonat generalului maior Fretter-Pico, comandantul Corpului 30 Armată. Această subordonare nu a permis comandamentului român din Crimeea să desfăşoare acţiuni pe cont propriu, ceea ce l-a determinat pe locotenent-colonelul Nicolae Tăutu să afirme: „Atunci când se va scrie istoricul operaţiunilor din Crimeea, eforturile şi grelele sacrificii de sânge făcute de trupele române de aici vor apărea foarte palide în ansamblul operaţiunilor, întrucât românii nu au avut posibilitatea să-şi lege numele de nici o acţiune începută şi dusă la bun sfârşit de comandamentele şi trupele române. Din această cauză, istoria va fi, poate, nedreaptă cu noi şi cu sacrificiile noastre, fără ca să avem vreo altă vină decât că am fost obligaţi a consimţi această fragmentare a comandamentelor noastre”. Problemele deja amintite, s-au manifestat şi în legătură cu constituirea Grupului de Armate „Don”. Unul dintre motivele nerealizării acestuia a fost faptul că problemele operative şi de aprovizionare nu erau clar precizate de către Înaltul Comandament german, nu erau precis stabilite misiunile Grupului de Armate şi pentru armatele din compunerea acestuia.

Marele Cartier General român a considerat, la 16 noiembrie 1942, că întârzierea constituirii Grupului de Armate a produs trupelor române „o serie de neajunsuri de ordin operativ şi material”. Feldmareşalul Manstein aprecia că „noua entitate nu a mai fost creată pentru că Hitler dorea mai întâi să vadă Stalingradul cucerit. Faptul că O.K.H. nu a reuşit să îl folosească pe mareşalul Antonescu a fost o mare pierdere. Competenţa lui de comandant nu mai fusese, ce e drept, pusă la încercare până atunci, dar eu nu mă îndoiesc de faptul că era un bun militar. În orice caz, prezenţa lui ar fi dat o mai mare greutate apelurilor noastre către Hitler pentru întăriri, pentru apărarea flancurilor dispozitivului de la Stalingrad. Antonescu era, în definitiv, un şef de stat şi un aliat căruia Hitler era obligat să-i acorde mai multă atenţie decât oricărui comandant de armată sau de grup de armate german. Şi, mai presus de orice, personalitatea lui Antonescu i-ar fi mobilizat pe comandanţii români, care se temeau de el cel puţin la fel de tare ca de ruşi”.

Una dintre problemele care au grevat relaţiile militare româno-germane a fost aşa-numitul „caz Hauffe”. Generalul Hauffe fusese numit şef de stat major al Grupului de Armate condus de Ion Antonescu. Feldmareşalul Manstein relatează cum generalul i-a făcut - la ajungerea acestuia la Rostov, unde se afla punctul de comandă -, o descriere foarte sumbră a situaţiei celor două armate române aflate pe frontul de la Stalingrad. Din cele 22 divizii pe care le avusese iniţial, nouă ar fi fost distruse, iar alte nouă se risipiseră şi nu mai puteau fi folosite în operaţiunile militare. În contradicţie cu cele afirmate de Hauffe, într-o scrisoare a adresată lui Hitler, Mareşalul Antonescu, acuza O.K.W. că nu ar fi acordat importanţa cuvenită semnalelor de alarmă primite cu privire la pericolul crescând din zona capului de pod Kremetskaia, din faţa frontului acoperit de Armata 3-a română: „La judecata cea mai sumară a situaţiei, care se va face mai târziu, noi vom rămâne cu gloria şi alţii cu răspunderea. Comandamentele noastre, de la cele mai mici până la cele mai mari, şi-au făcut datoria, ele nu au, deci, de ce să se teamă de judecata istoriei şi resping cu dispreţ şi legitimă dreptate sugestiile incorecte şi ofensele aduse martirilor noştri. […] Comunicaţi generalului Hauffe acest răspuns. El este, după mine, principalul vinovat pentru că, deşi de mai multe ori i-am atras, în scris şi verbal, atenţiunea asupra condiţiunilor în care accept să trimit eşalonul II pe front şi să intre în sector, nu şi-a respectat promisiunile şi nici cuvântul dat în numele Comandamentului Superior. Deşi i-am atras atenţiunea, la timp, asupra evidenţei atacului inamic, a subestimat totuşi valoarea lui până în ajunul atacului”. Această scrisoare era întocmită pe baza datelor furnizate de generalul Socrat Mardari, care fusese trimis pe front să verifice dacă trupele române erau, într-adevăr, acoperite de cele germane, aşa cum susţinuse generalul Hauffe, ceea ce era cu totul fals.

După ruperea frontului la Cotul Donului s-au intensificat incidentele între ostaşii români şi cei germani. Colonelul I. Lissievici consemnează în memoriile sale: „Adeseori, germanii insultau pe ostaşii români, care ripostau cu toată vehemenţa. În cursul retragerii, germanii refuzau să transporte în autovehiculele lor ostaşii români, chiar dacă erau bolnavi sau răniţi transportabili. Dacă totuşi se agăţau de autovehicul cu intenţia să se urce în el, erau loviţi şi siliţi să coboare, indiferent dacă autovehiculul staţiona sau era în mişcare. De asemenea, pe timpul retragerii atât din Cotul Donului, cât şi din Stepa Calmucă, s-au iscat dese incidente cu ocazia repartizării sau ocupării cantonamentelor. Germanii ocupau cele mai bune sectoare sau locuinţe, iar românilor le repartizau periferiile clădirilor cele mai rele. Datorită incidentelor provocate de către ostaşii germani, relaţiile dintre aceştia şi ostaşii români s-au înăsprit în mod evident”. Feldmareşalul Manstein cunoaşte şi recunoaşte aceste situaţii, dar încearcă să le justifice: „Iniţial mareşalul Antonescu îmi scrisese că se plânge de faptul că ofiţerii şi soldaţii germani, atât în exerciţiul funcţiunii, cât şi în restul timpului, îi maltratau pe soldaţii români şi vorbeau urât despre ei. Deşi astfel de incidente puteau fi puse pe seama evenimentelor recente şi a impresiei proaste lăsate de multe din unităţile române, am luat imediat măsurile ce se impuneau”.

Atitudinea feldmareşalului era adusă la cunoştinţa forurilor militare superioare de către comandantul detaşamentului de legătură, locotenent-colonel Mârza, care arăta că ofiţerul german „nu a făcut nici cel mai mic gest din care să fi putut deduce o simpatie oarecare pentru neamul şi armata noastră” şi că „nu este un prieten al ţării noastre”. Şi această situaţie era evidentă mai ales după ce s-a constatat „primirea cordială de care s-au bucurat generalii şi ofiţerii superiori maghiari, care au fost primiţi la comandament în mod deosebit”. Ofiţerul român ajungea la concluzia că „prezenţa noastră nu este deloc dorită”.

Imixtiunile comandamentelor germane în comanda marilor unităţi române au generat situaţii neacceptabile pentru partea română, precum: nerespectarea prerogativelor de comandă ale marilor unităţi române; mari unităţi germane de pe front, în loc să intre sub ordinele corpului de armată român care acţiona în zonă au luat sub comanda lor unităţile (divizii române); comandamente germane care, necunoscând situaţia au luat comanda unităţilor române şi prin măsuri şi ordine au provocat „confuzii şi încurcături”. Amestecul evident al comandamentelor germane în pregătirea, execuţia şi conducerea marilor unităţi române au însemnat, de fapt, luarea prerogativelor de comandă ale comandanţilor români. Se poate evidenţia, de asemenea, lipsa sprijinului efectiv al marilor unităţi române, aflate sub comandamente germane; acestea din urmă nu le-au oferit sprijinul material la care erau obligate prin convenţii. Adăugăm aici şi modificarea frecventă de către comandamentele germane a componenţei comandamentelor marilor unităţi române aflate în subordinea lor, ceea ce a determinat ştirbirea autorităţii comandanţilor români şi împiedicarea exercitării dreptului de comandă.

Nenumăratele contradicţii între trupele române şi cele germane au fost relevate de către comandanţii militari români de la diferite eşaloane, toate aflate pe front. Spre exemplificare, redăm cel relevate de generalul Radu Niculescu-Cociu. La 6 noiembrie 1943, acesta informa Armata a 3-a că „ostaşii din armata germană, indiferent de grad, au întrebuinţat orice mijloc, permis sau nepermis, pentru a-şi asigura trecerea la nord de Nipru, mai întâi a vehiculelor şi materialelor germane, după care a cazacilor, gruzinilor civili şi apoi a armatei române. Insultând şi lovind pe ofiţerii şi soldaţii români, ameninţându-i cu revolverele, făcându-i porci ţigani, barbari etc. şi împiedicându-ne de a trece materialele şi vehiculele la nord de Nipru, s-a născut în sufletul ostaşului român o ură care nu cadrează cu cama­raderia ce trebuie să existe între ostaşul german şi cel român. Prăpastia care s-a săpat între aceşti ostaşi este atât de mare încât nu ştiu dacă în viitor se va mai putea realiza ceva”.

La rândul său, comandantul Corpului 44 Armată german a raportat eşaloanelor ierar­hice germane „greaua colaborare” cu generalul Radu Niculescu-Cociu. Alte comandamente au invocat „defecţiunile” unor ofiţeri şi unităţi române. Comandantul Grupului de armate „A” îşi exprima însă speranţa că „dezacordul ivit va fi înlăturat în spiritul vechii cama­raderii” şi asigura că partea germană „va face totul în acest scop. În final, neînţelegerile au fost discutate „în spirit camaraderesc” la comandamentul generalului von Kleist, buna înţelegere fiind restabilită. Cu acest prilej s-a stabilit că o parte din conflicte s-au datorat unor simple neînţelegeri şi interpretări eronate a datelor transmise. Astfel, cu ocazia evenimentelor din 30 noiembrie 1943, şeful detaşamentului german de legătură de pe lângă Divizia 24 Infanterie română a transmis ca „refuz de executare de ordin” propu­nerea generalului Radu Niculescu-Cociu de a contraataca spre vest pentru ocuparea satului Ciaplinka, spre care se îndreptau tancurile sovietice. Generalul Angelis, comandantul Corpului 44 Armată ger­man, a interpretat-o ca pe o sustragere de la apărarea poziţiei de luptă şi a răspuns că „va face uz de armă împotriva celor ce nu execută ordinele”. Nu şi-a retras ameninţarea nici după ce generalul Radu Niculescu-Cociu i-a dat explicaţiile verbale. La intervenţia genera­lului Petre Dumitrescu, generalul von Kleist i-a chemat pe generalii Niculescu-Cociu şi Angelis, şi-a exprimat personal regretul şi l-a rugat pe generalul român să uite cele întâmplate. Referitor la acuzaţiile lui Kleist în ceea ce priveşte neregulile de la trecerea Chersonului, Petre Dumitrescu i-a cerut să găsească soluţia pentru „a se reveni asupra lor, întrucât cea mai mare parte din ne­reguli revin în cel mai bun caz forţei majore, dacă nu lipsei de organizare a trecerilor de către comandamentele germane”.

Conco­mitent, comandantul Armatei a 3-a române a considerat că trebuia „inter­venit energic” pentru a face să înceteze „acuzaţiile neîntemeiate, nu destul de verificate în ceea ce priveşte comportarea unităţilor române” şi în special „insultele şi loviturile faţă de ostaşii români”. În urma unei înţelegeri corecte a situaţiei politico-militare a celor două ţări şi comandamente s-a ajuns, ca şi în alte cazuri, la un compromis reciproc, generalul von Kleist dând un ordin circular către toate comandamentele din subordine, care cuprindea „cuvinte tari”, în exprimarea lui Petre Dumitrescu, la adresa unităţilor germane şi care releva meritele ostaşilor români. Concomitent, a adresat o scrisoare generalului Dumitrescu, la care acesta a răspuns mulţumind pentru „spiritul obiectiv şi amical în care s-au soluţionat toate ne­înţelegerile” şi a asigurat că partea română va proceda „cu cea mai mare bunăvoinţă pentru aplanarea amicală a oricăror neînţelegeri”. Considerând că trebuiau „închise toate incidentele româno-germane”, Petre Dumitrescu recunoştea în raportul înaintat generalului Ilie Şteflea, la 30 octombrie 1943, că „unele incriminări aduse trupe­lor române par a fi juste în oarecare măsură”.